发第一个月工资时扣除两个月的借支，合法吗？

不合法。依据《劳动法》，用人单位不得无故拖欠工资。扣除两个月借支作为首月工资，属于拖欠行为，若不及时处理，会影响员工权益，甚至导致劳动纠纷。
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常见处理方式为投诉举报。可向当地劳动监察部门投诉，要求支付拖欠工资。选择此方式因它直接有效，能快速维护劳动者权益。
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不合法。处理方式：1. 与用人单位沟通，要求合理解释并支付拖欠工资；2. 若沟通无果，收集证据，如工资条、借支记录等；3. 向当地劳动监察部门投诉，提交证据，要求处理；4. 如问题仍未解决，可考虑法律途径，如起诉或申请劳动仲裁。